Das Cyberknife Zentrum ist in einen klinischen und wissenschaftlichen Verbund mit dem Klinikum Großhadern der Universität München eingebunden. Hier bestehen enge Kooperationen mit den universitären Instituten und Kliniken wie beispielsweise dem Institut für Diagnostische Radiologie, der Neurochirurgischen Klinik, Medizinischen Klinik (Onkologie), Urologischen Klinik und Klinik für Augenheilkunde.
Ebenso existiert ein internationaler Verbund mit Kollegen aus aller Welt. Intensive Partnerschaften bestehen mit der Universität Stanford in Kalifornien, USA, wo das Cyberknife von Professor John A. Adler erfunden wurde. Weiterhin besteht eine wissenschaftliche Kooperation mit dem Institut für Robotik und Kognitive Systeme der Universität Lübeck (Direktor: Professor Dr. Schweikard), in welchem wesentliche Teile des Cyberknifesystems (Softwaresteuerung) entwickelt wurden. Über audio-visuelle Telekommunikationssysteme werden besondere Fälle besprochen und wissenschaftliche Projekte durchgeführt.
Im Rahmen des Beirates (Board of Directors) der weltweit aktiven CyberKnife Society (http://www.cksociety.org) wird die Ausarbeitung internationaler Behandlungs-, Ausbildungs- und Qualitätsstandards für radiochirurgische Behandlungen mit dem Cyberknife vorangetrieben.
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